BIO 6077: Analyse quantitative des données biologiques

Page Web officielle: http://www.bio.umontreal.ca/legendre/bio6077.html

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Plan du cours pour l'hiver 2012

Exercices et jeux de données

• Introduction au langage statistique R
• Travaux pratiques en R
• Opérations matricielles de base
• Fichiers de données
• Introduction to the R statistical language
• Practicals in R
• Exercice d'inversion matricielle en R
• Créez vos propres fonctions R
• Writing R functions
• Nouveau TP, régression multiple
•  
• Exercice, chapitre 2
• Exercice, chapitre 6
• Exercice, chapitre 7
• Exercice, chapitre 8
• Exercice, chapitre 8: matrice Chiro_Cromwell.S17 pour affichage en html
• Exercice, chapitre 8: données zippées pour téléchargement
• Exercice sur les associations d'espèces
• Premier exercice, chapitre 9: ACP
• Second exercice, chapitre 9: ACP, ACoP et AFC
• Travail de session *** Nouvelle version, 20jan12 ***
•  
• Exemple d'analyse d'un tableau de contingence
• Exercice spatial, R 4.0
• Exercice d'analyse spatiale
• Spatial analysis exercise
• Analyse spatiale, forêt Gault, Mont Saint-Hilaire

Fonctions en langage R

• Fonctions en langage R sur la page Web du labo Legendre
• Fonctions en langage R sur R-Forge, projet Sedar
• Fonctions en langage R sur la page Web de Stéphane Dray
• Optimisation de la diagonale d'une matrice d'affinité (Beum & Brundage, 1950)
• CRAN (site du langage R)
• R Reference Card (résumé des commandes R les plus utiles). - Allez à la section "Documentation" et cliquez sur "reference card"

Chapitres de Legendre & Legendre 2012

• Chapitre 12
• Chapitre 13
• Chapitre 14
• Contents
• References

Documents divers

• Algèbre de la régression (Document d'enseignement)
• Algebra of principal component analysis and other ordination methods (Teaching document)
• Associations d'espèces (conférence)
• Species associations (talk)
• "Community surveys through space and time: testing the space-time interaction in the absence of replication" (pdf of PowerPoint presentation, 3.4 Mb)
• Comparaison des analyses canoniques et des tests de Mantel
• Conférence "Spatial eigenfunction analysis" (fichier de 5.1 Mo)
• De'ath (2002) Multivariate regression tree
• Démonstration d'analyse spatiale (Guillaume Blanchet)
• Distances et diversité bêta
• Espèces indicatrices: définition et exemple en langage R
• Espèces rares: extraits d'une discussion sur la liste Ordnews
• Exemple de régression logistique simple et gaussienne
• From classical to canonical ordination (Chapter)
• General linear model (Notes de cours)
• Lexique anglais-français d'écologie numérique et de statistique
• Métrique? Euclidien?
• MRT: l'arbre de régression multivariable
• Nested and two-way anova (Notes de cours)
• Objets isolés - espèces rares
• Rotation graphique 3D
• Some measures S and D
• Therapeutic Effects of Intercessory Prayer: exercice d'analyse d'un tableau de contingence
• Variables d'appariement en régression et RDA

Manuels de E. Paradis pour débutants du langage R

• En français (468 Ko)
• En anglais (444 Ko)

Installation d'un émulateur Mac Classic sur Windows

Home page Basilisk II

Le Progiciel R pour MacOS 9.x

• Page d'accueil du Progiciel R
• Téléchargement de la dernière version de R 4.0

Liens divers

• Sharedraw: programme de dessin vectoriel shareware pour Mac
• Suite de logiciels StarOffice de Sun Microsystems (équivalent de MS Office) gratuite pour PC