Les participants au cours sont invités à installer R sur leur ordinateur avant le cours.
Pour cela, allez à l'adresse du CRAN. Au besoin, choisissez un miroir (évitez les miroirs québécois, pour l'instant ils sont instables).
Dans la section Download and install, choisissez la plateforme, puis suivez les instructions. La version actuelle est R 2.13.0 (mais le dernier chiffre peut changer).
Sur MacOS 10.5 et plus, téléchargez R-2.13.0.pkg. Les possesseurs d'ordinateurs plus anciens (MacOS 10.4) peuvent télécharger la version R.2.10 cliquant le lien "universal" de la section "Subdirectories", et de là en allant dans le dossier "base".
Sur PC, allez dans le dossier "base" de la page Windows, puis cliquez sur le lien "Download R.2.13.0 for Windows". Lorsque vous installerez R à l'aide de l'exécutable R-2.13.0-win.exe, si vous voulez que les fenêtres graphiques soient indépendantes de la console R, cliquez « Oui (démarrage personnalisé) » dans la fenêtre Options de démarrage, puis cliquez « SDI (des fenêtres séparées) » dans la fenêtre Mode d'affichage.
En plus de l'installation de base, vous aurez besoin des librairies vegan et ade4. Une fois que vous avez installé R sur votre ordinateur, il y a deux manières d'installer ces librairies supplémentaires.
Lorsqu'on travaille avec R, le mieux est d'écrire les commandes dans un fichier texte et de les transférer ensuite dans R. Je vous demande d'en installer au moins un sur votre ordinateur. Les éditeurs complexes comme Word ne sont pas recommandés, car ils introduisent de nombreux caractères de contrôle invisibles, avec des résultats déplorables sur le fonctionnement de R. Voici quelques suggestions d'éditeurs gratuits qui fonctionnent bien avec R:
Téléchargez ICI un dossier zippé contenant le script complet de l'atelier ainsi que les fichiers de données. Modifié le 29 avril 2011, 11h05
Les documents ci-dessous, qui font partie du matériel des cours de statistique du département (Bio2041, Bio2042), fournissent de l'information sur le langage R et ses particularités. Ils vont parfois plus loin que l'introduction planifiée pour la journée.
R est à la fois un ensemble de programmes (progiciel) et un langage de programmation. Bien qu'il existe une interface graphique pour réaliser des opérations de base en R, ce dernier ne peut déployer toute sa puissance que par le langage de commande.
Notre première approche consistera à:
Ce volet consistera à:
... nous pourrons explorer quelques notions fondamentales
d'analyse multivariable en R: 