Atelier d'introduction au langage R

En préliminaire au cours BIO 6012

Daniel Borcard

27 avril 2011, 10h00 - 17h00, salle E-206, Pavillon Marie-Victorin

 

Cette page web évoluera d'ici le début du cours. Veuillez la consulter souvent!

Installation de R

Les participants au cours sont invités à installer R sur leur ordinateur avant le cours.

Pour cela, allez à l'adresse du CRAN. Au besoin, choisissez un miroir (évitez les miroirs québécois, pour l'instant ils sont instables).

Dans la section Download and install, choisissez la plateforme, puis suivez les instructions. La version actuelle est R 2.13.0 (mais le dernier chiffre peut changer).

Sur MacOS 10.5 et plus, téléchargez R-2.13.0.pkg. Les possesseurs d'ordinateurs plus anciens (MacOS 10.4) peuvent télécharger la version R.2.10 cliquant le lien "universal" de la section "Subdirectories", et de là en allant dans le dossier "base".

Sur PC, allez dans le dossier "base" de la page Windows, puis cliquez sur le lien "Download R.2.13.0 for Windows". Lorsque vous installerez R à l'aide de l'exécutable R-2.13.0-win.exe, si vous voulez que les fenêtres graphiques soient indépendantes de la console R, cliquez « Oui (démarrage personnalisé) » dans la fenêtre Options de démarrage, puis cliquez « SDI (des fenêtres séparées) » dans la fenêtre Mode d'affichage.

Nouveau et important (20 avril)

En plus de l'installation de base, vous aurez besoin des librairies vegan et ade4. Une fois que vous avez installé R sur votre ordinateur, il y a deux manières d'installer ces librairies supplémentaires.

 

Editeurs de texte Nouveau (20 avril)

Lorsqu'on travaille avec R, le mieux est d'écrire les commandes dans un fichier texte et de les transférer ensuite dans R. Je vous demande d'en installer au moins un sur votre ordinateur. Les éditeurs complexes comme Word ne sont pas recommandés, car ils introduisent de nombreux caractères de contrôle invisibles, avec des résultats déplorables sur le fonctionnement de R. Voici quelques suggestions d'éditeurs gratuits qui fonctionnent bien avec R:

 

Documents à télécharger

Nouveau et important (20 avril)

Téléchargez ICI un dossier zippé contenant le script complet de l'atelier ainsi que les fichiers de données. Modifié le 29 avril 2011, 11h05

Les documents ci-dessous, qui font partie du matériel des cours de statistique du département (Bio2041, Bio2042), fournissent de l'information sur le langage R et ses particularités. Ils vont parfois plus loin que l'introduction planifiée pour la journée.

 

R: première approche

R est à la fois un ensemble de programmes (progiciel) et un langage de programmation. Bien qu'il existe une interface graphique pour réaliser des opérations de base en R, ce dernier ne peut déployer toute sa puissance que par le langage de commande.

Notre première approche consistera à:

 

R: objets, scripts, statistiques simples

Ce volet consistera à:

 

Quelques fonctions statistiques importantes

 

Écrire une fonction en R

 

S'il reste du temps...

... nous pourrons explorer quelques notions fondamentales d'analyse multivariable en R: