Analyse multivariable des données biologiques

Université Laval, Québec, mars-avril 2008

Professeur: Dr. Daniel Borcard, Université de Montréal
Démonstratrice: Marie-Hélène Ouellette, Université de Montréal

Cette page vous offre des liens vers divers documents et programmes nécessaires ou utiles dans le cadre du cours.


Référence bibliographique principale: Legendre, P. & L. Legendre. 1998. Numerical ecology. Second English Edition. Elsevier, Amsterdam.


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Plan de cours

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Instructions aux étudiants

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Notes du cours théorique (en anglais)

Supplément: représentation graphique des groupements (comme dans la présentation ppt du cours) Nouveau (27/3/08)
3.9 Arbres de régression multivariables NOUVEAU (changé le 25/3/08)
3.9bis Document explicatif des sorties de mvpart (arbres de régression multivariables) Nouveau (27/3/08)

Annexe: lexique anglais français de statistique et d'écologie numérique (Pierre Legendre et Louis Legendre).

 

Travaux pratiques - langage R

Veuilles installer le langage R et les librairies suppplémentaires demandées AVANT le début du cours. Les instructions à cet effet se trouvent dans les deux premiers documents ci-dessous.

Pour installer R

Lien vers la page web officielle du langage R
Lien vers la page web de Stéphane Dray (pour les librairies spacemakeR [PC et Mac] et packfor [PC] )
Pour Mac seulement: source de la librairie packfor

Exercices de base en R (recommandés avant le cours aux étudiants qui n'ont aucune connaissance de R)

Carte de référence des principales commandes R (copyright Tom Short, voir http://www.rpad.org/Rpad/)

Scripts d'exercices du cours

Données d'exercice

Ours.txt
Merle.txt
Donnees.zip
 

Pour les intéressés: les bases de la programmation en R

 

Éditeurs de texte intéressants (et gratuits) pour préparer des documents R sur PC et sur Mac

EditPad lite (PC)

NotePad++ (PC)

TextWrangler (Mac)

 

 

Tirés-à-part

Voici les liens vers quelques articles cités dans le cours théorique. Les références munies d'une étoile rouge sont les plus importantes. Si un lien individuel ne fonctionne pas, vous pouvez vous connecter à la page web des tirés-à-part de Pierre Legendre, et sélectionner manuellement le tiré-à-part désiré. Profitez-en pour télécharger les autres titres qui vous intéressent!

Blanchet F. G., P. Legendre, D. Borcard. 2008. Forward selection of explanatory spatial variables. Ecology (in press).

* Borcard, D., P. Legendre & P. Drapeau. 1992. Partialling out the spatial component of ecological variation. Ecology 73: 1045-1055.

Borcard, D. & P. Legendre. 1994. Environmental control and spatial structure in ecological communities: an example using Oribatid mites (Acari, Oribatei). Environmental and Ecological Statistics 1: 37-61.

* Borcard, D. and P. Legendre. 2002. All-scale spatial analysis of ecological data by means of principal coordinates of neighbour matrices. Ecological Modelling 153: 51-68.

* Borcard, D., P. Legendre, C. Avois-Jacquet & H. Tuomisto. 2004. Dissecting the spatial structure of ecological data at multiple scales. Ecology 85(7): 1826-1832 [Statistical report].

Brind'Amour, A., D. Boisclair, P. Legendre and D. Borcard. 2005. Multiscale spatial distribution of a littoral fish community in relation to environmental variables. Limnology and Oceanography 50: 465-479.

Dray, S., P. Legendre and P. Peres-Neto. 2006 Spatial modelling: a comprehensive framework for principal coordinate analysis of neighbor matrices (PCNM). Ecological Modelling 196: 483-493.

Dufrêne, M. & P. Legendre. 1997. Species assemblages and indicator species: the need for a flexible asymmetrical approach. Ecological Monographs 67: 345-366.

Dutilleul, P., J. D. Stockwell, D. Frigon & P. Legendre. 2000. The Mantel-Pearson paradox: statistical considerations and ecological implications. Journal of Agricultural, Biological and Environmental Statistics 5: 131-150.

Legendre, P. & M. J. Anderson. 1999. Distance-based redundancy analysis: testing multi-species responses in multi-factorial ecological experiments. Ecological Monographs 69 (1): 1-24.

Legendre, P. 2000. Comparison of permutation methods for the partial correlation and partial Mantel tests. Journal of Statistical Computation and Simulation 67: 37-73.

* Legendre, P. and E. Gallagher. 2001. Ecologically meaningful transformations for ordination of species data. Oecologia 129: 271-280. (Reprint available, © 2001 "Springer-Verlag". The original publication is available on http://link.springer.de/)

Legendre, P. 2005. Species associations: the Kendall coefficient of concordance revisited. Journal of Agricultural, Biological and Environmental Statistics 10: 226-245.

Legendre, P., D. Borcard and P. R. Peres-Neto. 2005. Analyzing beta diversity: partitioning the spatial variation of community composition data. Ecological Monographs 75: 435-450. [\"Concepts & Synthesis\" paper.]

* Legendre, P. & D. Borcard. 2006. Quelles sont les échelles spatiales importantes dans un écosystème ? Chapitre 19 (p. 425-442) in: J.-J. Droesbeke, M. Lejeune et G. Saporta (éds), Analyse statistique de données spatiales. Editions TECHNIP, Paris. [Manuscrit du chapitre en format PDF / Chapter manuscript in PDF format.]

Ouellette, M.- H., J.-L. DesGranges, P. Legendre et D. Borcard. 2005. L'arbre de régression multivariable : classification d'assemblages d'oiseaux fondée sur les caractéristiques de leur habitat. P. 229-232 in: Makarenkov, V., G. Cucumel et F.-J. Lapointe [éds] Comptes-rendus des 12èmes Rencontres de la Société Francophone de Classification, Université du Québec à Montréal, 30 mai - 1er juin 2005.

Peres-Neto, P.R., P. Legendre, S. Dray, and D. Borcard. 2006. Variation partitioning of species data matrices: estimation and comparison of fractions. Ecology 87: 2614-2625.